孫中山通電否認北京馮國璋、段祺瑞政府，並令各軍北伐。

1912年8月，經宋教仁從中斡旋，同盟會與統一共和黨、國民共進會、國民公黨合併，改組為國民黨。25日，孫中山在北京舉行的國民黨成立大會中被選為理事長，但孫中山以“決不願居政界，惟願作自由國民。”，即委宋教仁為代理理事長。1913年3月，宋教仁被暗殺，袁世凱嫌疑為原凶。孫中山力主南方各省起兵反袁，稱為二次革命。由於實力不足，二次革命旋即失敗。孫中山被通緝，不得不再次赴日本尋求援助。1914年，孫中山在日本建立中華革命黨，並兩次發表討袁宣言。中華革命黨要求黨員向孫中山個人絕對效忠，要按手模宣誓；並且將國民按入黨時間分成等級，享有不同待遇。部份同時流亡日本的國民黨員對此反對，原同盟會中重要人物如黃興、李烈鈞、柏文蔚、譚人鳳等俱未有加入。1915年10月25日孫中山與宋慶齡在日本結婚。
　　袁世凱稱帝失敗後，孫中山重回中國。1917年，段祺瑞在張勛復辟後“再造共和”，廢止了1913年選出的國會。身在上海的孫中山展開護法運動（亦稱三次革命），號召國會議員一起到廣州，召開國會非常會議，組織護法政府並就職為大元帥，誓師北伐。但廣州護法政府逐漸由桂、滇系軍人控制，孫中山實力有限，甚至出現“政令不出士敏土廠（大元帥府）”的情況。孫中山曾嘗試發動兵變而未果。1918年桂、滇各系控制國會改組護法政府，以七總裁取代大元帥，孫中山被架空，被迫去職。1919年10月，改中華革命黨為中國國民黨。1920年，陳炯明成功擊退盤踞廣州一帶的桂、滇系，請孫中山重回廣州。次年，廣州非常國會取消軍政府，選孫中山為大總統（習慣上稱為非常大總統)，開始第二次護法運動。孫中山就職後力主軍事北伐，最終與主張暫緩軍事，聯省自治的陳炯明產生激烈衝突，於1922年6月爆發炮擊總統府事件，孫中山離粵退居上海。
　　1921年後，孫中山在宣講解釋三民主義時，幾度提及有人用世界主義反對其提倡民族主義。關於此事，後來的研究者從反對帝國主義的角度解釋演講的內容，指出反對世界主義是孫中山在他後期活動中為了宣傳民族主義而進行的思想批判之一。（註：張磊：《論孫中山的民族主義》，《孫中山：愈挫愈奮的偉大先行者》，廣東人民出版社1996年版，第102頁。原載《北京大學學報》1957年第4期。）不過，孫中山當時回應的直接對象，並不是帝國主義，也不是泛指一般的世界主義。近年王爾敏先生的《中山先生民族主義正解》，照孫中山的演講指其說是警戒國人不可醉心於新文化運動（註：王爾敏：《中山先生民族主義正解》，台北，中山學術文化基金會1999年版，第186頁。關於孫中山回應世界主義的所指，海內外學人較少直接論及。