托馬斯·傑弗遜被任命為美國第一任國務卿，John Jay被任命為美國第一任最高法院首席大法官，Samuel Osgood被任命為美國第一任郵電部長，Edmund Randolph被任命為美國第一任首席檢察官。

 傑弗遜於維吉尼亞的城鎮自治議會（House of Burgesses）中執法。他於1774年寫下英屬美洲民權概觀，引領維吉尼亞地方議會走向國會。這本小冊成為美國人對英國殖民者們辯駁時的有力論據，促進美國人走向獨立自主，標示著傑弗遜為愛國者中思想最深刻的辯士之一。
　　傑弗遜為美國獨立宣言之主要撰稿人，獻身於美國的政治文化與民間文化。大陸議會為撰寫該宣言所委任的五人小組全體一致同意，由傑弗遜單獨起草宣言全文。
　　1776年9月，傑弗遜回到維吉尼亞，並獲選入新成立的維吉尼亞州代表議會。傑弗遜於其任期中銳意興革州內法制體系，以使維吉尼亞成為民主的一州。他於三年間起草126條法案，包括廢除長子繼承權、建立宗教自由、並使司法體系現代化。1778年，傑弗遜的“知識大幅普及散播法案”促成其母校的連串學術改革，包括美國各大學中第一個成立的選修制度。
　　傑弗遜於1779年1781至年間任維吉尼亞州州長，在1780年以州長的身份監督維吉尼亞州治由威廉斯堡遷移至里奇蒙。他不斷在威廉與瑪麗學院中呼籲教育改革，包括全國首創由學生自治的榮譽法則（honor code）。1779年，在傑弗遜的指示下，威廉與瑪麗學院委任喬治·威勒為美國各大學中首位法學教授。因對改革的進程不滿，傑弗遜後來創立了維吉尼亞大學，為美國第一所與宗教學說完全無關的高等學院。
　　維吉尼亞兩次在傑弗遜入主政期間遭英軍入侵。傑弗遜本人幾遭奇襲薛倫斯維爾的英軍騎兵縱隊所俘，但終能脫身。民情因政府無力禦侮而激憤不已，從而幾乎毀了傑弗遜的政治前途；但在約克鎮之圍後，民憤逐漸平復。
　　傑弗遜於1785年至1789年間駐節法國，未及參與合眾國憲法會議。他其後雖逐漸支持這部新憲，卻仍認為新憲因缺乏權利法案而有缺陷。
　　自法返國後，傑弗遜於喬治·華盛頓的政府中擔任首任國務卿(1789-1793年)。他與亞歷山大·漢密爾頓兩人之間開始對全國性的金融政策展開論戰，傑弗遜將漢彌爾頓與其他狂熱的聯邦黨人與保皇黨等量齊觀。1790年，傑弗遜深恐其擬之為“保皇主義”的“漢密爾頓主義”占上風，寫下“漢彌爾頓的信徒們跟著氣喘吁吁……並渴求帝王之冠、諸侯之冕、與主教法冠。”傑弗遜與詹姆斯·麥迪遜創立民主共和黨，並成為黨內領袖。他們二人與麥迪遜的的競選總幹事約翰·貝克利(John James Beckley)所建立的體系，史稱第一黨系統。1793年，英法兩國爆發戰爭，傑弗遜強烈支持法國，而漢密爾頓與華盛頓方面在締結傑伊條約後則支持英國，傑弗遜於是辭職隱退蒙地沙羅，後又獲選為美國副總統（1797─1801年）。
　　因與法國進行準戰爭（兩國海軍不宣而戰），約翰·亞當斯所領導的聯邦黨加強並增募海陸兩軍，同時開徵新稅，從事戰爭準備，並在1798年制訂了客籍法和懲治叛亂法。傑弗遜將此法解讀為攻擊他所屬的政黨，甚於對付危險外敵。他與麥迪遜為重新集結支持者，匿名著作肯塔基與維吉尼亞提案，主張憲法所建立者僅為各州與聯邦政府之間的協定，聯邦政府無權行使憲法無明文規定之事項，而各州對聯邦政府各項僭權之舉可視為無效。此提案為美國史上首次對州權論之陳述，該論述開日後拒行聯邦法規與介入論之先河。
　　傑弗遜與紐約的艾倫·伯爾緊密合作，重新集結其政黨，特別為對付新稅開徵而投入1800年美國總統大選。聯邦黨反擊傑弗遜為自然神論者、無神論者、稱他為基督徒之敵。傑弗遜與伯爾在選舉人團中，票數並列第一，須由時為聯邦黨所控制的美國眾議院決斷選舉結果。
　　經冗長辯論後，漢密爾頓在眾議院中說服了同黨議員。他認為，選舉過程中的流言將腐蝕新生的美國政府；而就政治面而言，傑弗遜較不具傷害性。眾議院因於1801年2月17日決議，推舉傑弗遜為總統，伯爾為副總統。