御史楊崇伊至頤和園上封事於慈禧，請太后“訓政”。同時譚嗣同訪袁世凱，勸助新政，袁偽裝答應，旋即向榮祿告密。

1861年11月2日，慈禧在以奕䜣為首的貴族、官僚和帝國主義的支持下發動北京政變，從載垣、端華、肅順等8位贊襄政務王大臣手中奪取政權，以垂簾聽政的名義登上了統治者的寶座。但是，鞏固政權比奪取政權要困難得多。為了維持統治，她作出了一系列重大的決策。其中，最值得注意的是對政敵的處理和清理獄訟。
　　北京政變後，載垣、端華、肅順被革去爵職，拿交宗人府，會同大學士、九卿、翰、詹、科、道定擬罪名，照大逆律凌遲處死。慈禧將載垣、端華兩位親王改為賜令自盡。端華之弟肅順改為斬立決。其餘5人，原擬革職，發往新疆效力贖罪。因為景壽是道光皇帝的女婿，奕䜣的姐夫，慈禧對他的處分改為革職，仍留公爵並額駙品級，免其發遣。除穆蔭照原擬革職，發往軍台效力贖罪外，匡源、杜翰、焦佑瀛均改為革職，免其發遣。
　　查辦載垣、端華、肅順黨羽時，僅將尚書陳孚恩、侍郎劉琨、黃宗漢、成琦、太僕寺卿德克津泰、候補京堂富績6人革職。後來，從查抄肅順家產中發現陳孚恩親筆書信多封，並有曖昧不明之語。於是，查抄陳孚恩的家產，並照刑部所擬罪名，將陳孚恩發往新疆效力贖罪。但是，從查抄肅順家產中發現的賬目、書信，還涉及許多中央和地方官員。如果一一查辦，勢必株連甚眾。為了表示自己“寬厚和平”，使這些官員放下包袱，慈禧諭令議政王、軍機大臣，將此次查抄肅順家產內賬目、書信，“即在軍機處公所公同監視焚毀，毋庸呈覽。”總之，這一大的政變，處理得十分圓滿。原8位顧命贊襄政務王大臣，處死3人，處分5人；與其關係密切的處理了陳孚恩等6人，太監5人，總計19人。這與肅順辦理的戊午科場案動輒處分牽連數百人，不可同日而語。政變從發動到處理完畢，也只有一個月時間。時間之短促，也是令人吃驚。以上事實說明，慈禧是寬厚的。但是，在另一方面，她又十分殘忍。她依靠曾國藩的湘軍，李鴻章的淮軍，先後鎮壓了太平天國、捻軍以及回民和苗民起義。1864年7月19日，湘軍攻破太平天國的首都天京（今南京）的時候，分段搜殺，三日之間，殺害太平軍將士十餘萬人，“秦淮河屍首如麻”。
　　革新與守舊19世紀60至90年代，清王朝的一部分中央和地方官員主張學習西方近代的科學技術，訓練新軍，購買槍炮、軍艦，發展中國的軍事工業和民用工業，以達到富國強兵的目的。他們的代表人物，在中央有奕?、文祥，在地方有曾國藩、李鴻章、左宗棠、張之洞。儘管他們的改革沒有觸及封建專制的政治制度和社會制度，但是，在頑固派看來，卻是“用夷變夏”，違背了祖宗成法和聖賢古訓。所以，洋務運動一開始，就遭到頑固派的堅決反對。在洋務派與頑固派的鬥爭中，慈禧熟悉政治手腕玩起了平衡策略，一方面，支持以奕?為首的洋務派，另一方面，又扶植頑固派以牽制洋務派。
　　1866年12月，奕䜣奏請在同文館內添設分館，招收科舉出身的人員學習天文、數學。大學士倭仁親自出馬，上書慈禧，堅決反對。他認為，讓科舉出身的人員向外國人學習天文、數學是斯文掃地。他聲稱，中國之大，不愁沒有人才，只要多方訪求，一定可以找到精通天文、數學的人，為什麼一定向外國人學習呢！慈禧讓他保舉幾名精通天文、數學的人才，並由他負責選定地方辦一個天文數學館與同文館分館互相砥礪。他只好承認實無可保之人。慈禧又讓他到主持洋務的總理事務衙門行走。倭仁一向痛恨洋務，現在要他去辦洋務，感到是對自己侮辱，再三推辭，慈禧卻不肯收回成命，弄得這位頑固派的代表人物十分難堪。他到上書房給同治帝講課，有所感觸，不禁流下了眼淚。倭仁最後以養病為理由，奏請開缺。經慈禧批准，免去他的一切職務。
　　中日甲午戰爭失敗後，帝國主義掀起了瓜分中國的熱潮，民族危機空前嚴重。在維新派的影響下，光緒銳意變法。變法和反變法的鬥爭非常激烈。1898年6月11日，慈禧面告光緒：“前日御史楊深秀、學士徐致靖言國是未定，良是。今宜專講西學，明白宣示。”於是，光緒發布了由翁同龢起草的《定國是詔》，把講求西學，變法自強，作為清王朝的國策，使維新運動取得了合法地位。但是，這次變法，涉及了清王朝的政治體制，而慈禧改革底線是祖宗之法不能變。隨著變法的深入，慈禧和維新派的分歧越來越大。特別是康有為建議的仿先朝開懋勤殿一事，選舉英才，並邀請東西洋專門政治家共議制度，將一切應革之事全盤籌算，然後施行，更是慈禧所不能接受。當光緒向慈禧提出這一請求的時候，“太后不答，神色異常。”從慈禧的表情，光緒感到變法已出現危機。為了使變法能進行下去，康有為、譚嗣同等密謀策劃，爭取正在天津小站練兵的袁世凱以所部新建陸軍入京，圍頤和園，逼迫慈禧退出政治舞台。由於頑固派勢力強大，袁世凱又是一個投機分子，根本不可能站在維新派一邊。這場自上而下的改革失敗了。譚嗣同等6人被殺害，康有為、梁啓超逃亡國外，一些參與或支持變法的官員，受到了降級、革職、流放的處分。一切新政全被廢除。
　　慈禧的一生，經歷了從1840年至1900年帝國主義侵略中國的5次戰爭。第一次鴉片戰爭，她還是一個5歲的孩子。第二次鴉片戰爭，她已是鹹豐皇帝的懿貴妃。以後的中法戰爭、中日甲午戰爭、八國聯軍入侵，她則是清王朝的最高決策者，從慈禧的主戰與求和，可以看出慈禧與帝國主義關係的變化。
　　1860年9月21日，清軍在八里橋之戰中遭到失敗，英法聯軍進逼北京，鹹豐決定逃往熱河避暑山莊。當鹹豐即將出發的時候，懿貴妃極力諫阻，請求鹹豐留在北京，繼續抵抗。為此，她觸怒了鹹豐，差一點引來殺身之禍。奕?與英法聯軍簽訂《北京條約》，懿貴妃深以為恥，勸鹹豐廢約再戰。因為鹹豐病危，只好作罷。
　　中法戰爭爆發後，主戰派和主和派的鬥爭非常激烈。慈禧將清軍的接連失利歸罪於奕?的“因循委靡”，免去他的一切職務，其他4位軍機大臣也全部罷免。但是，清政府內部的和戰之爭並未停止。1884年8月23日，法國軍艦向福建水師發動突然襲擊，福建水師全軍覆沒。慈禧諭令對法宣戰，並將繼續堅持和議的張蔭桓等6位總理衙門大臣革職。1885年2月，法軍攻占諒山，慈禧轉向主和。鎮南關的失守，慈禧更喪失了對戰爭勝利的信心。授權中國海關駐倫敦辦事處的英國人金登乾到巴黎與法國外交部秘密議和。1885年4月4日，授權金登乾與法國政府簽訂《巴黎停戰協定》。6月9日，又授權李鴻章，在天津與法國駐華公使巴德諾簽訂《中法新約》。光緒二十年（1894年）十月初十，是慈禧的60歲生日，準備在頤和園大規模的進行慶祝。除了在頤和園大興土木之外，還在從紫禁城西華門至頤和園東宮門蹕路所經分設60段景點，建造各種形式的龍棚、經壇、戲台、牌樓和亭座。此時中日戰爭爆發了。中外輿論認為，中國必勝。光緒主戰，慈禧亦主戰，“不準有示弱語”。但是，當有人提出停止頤和園工程，停辦景點，移作軍費的時候，慈禧卻非常生氣，說，“今天誰讓我不高興，我就要他一輩子不高興。”後來，清軍在朝鮮戰場上接連失利，北洋水師在黃海之戰中又遭受嚴重挫折。為了不影響自己的六旬慶典，慈禧希望外國出面干涉，儘快結束戰爭。她支持李鴻章避戰求和的方針，以各種藉口，打擊以光緒為首的主戰派。由於形勢日益緊張，她不得不改變原來的計畫，所有慶辰典禮，著仍在宮中舉行，其頤和園受賀事宜，即行停辦。在金州、大連相繼陷落，旅順萬分危急的情況下，慈禧在紫禁城內的寧壽宮度過了她的60歲生日。
　　1895年2月7日，威海衛日艦及炮台夾攻劉公島，北洋水師全軍覆沒。1895年4月17日，李鴻章與日本代表伊藤博文簽訂了喪權辱國的《馬關條約》。義和團運動剛剛在山東興起，開展“滅洋仇教”的反帝鬥爭的時候，慈禧是主剿的。她多次諭令地方督扶“實力剿捕，毋得養癰貽患。”由於義和團的迅猛發展並進入北京，各國駐華公使在照會清政府強烈要求鎮壓義和團之後，又不顧清政府的反對，堅持調兵進京，在使館官員的指揮下，肆意抓捕、驅趕、槍殺甚至炮擊義和團及中國居民。統治集團內部，以載漪、剛毅、徐桐為代表的頑固派，主張招撫義和團，抗擊列強。而奕?、王文韶、劉坤一、張之洞、袁世凱等中央和地方官員，則主張痛剿義和團，避免列強的武裝侵略。因為“外國人欺我太甚”，慈禧早已耿耿於心，對頑固派的意見非常欣賞。同時，她看到一份所謂的“洋人照會”，要勒令她歸政，更是忍無可忍，決意宣戰。就在這一天，八國聯軍已經攻占大沽口炮台了。6月21日，慈禧以光緒名義發布對各國宣戰的詔書。但是，慈禧的決定，遭到了劉坤一、張之洞等地方督撫的反對。他們聯名電奏清廷，力主剿團乞和。並積極活動，與列強訂立條約，實行“東南互保”。慈禧的決心開始動搖。她一方面要求各省將軍督撫認真布置戰守事宜，並繼續利用義和團圍攻使館、抗擊八國聯軍。另一方面，她令榮祿前往使館慰問各國使臣，並於北玉河橋樹立木牌，牌上大書“欽奉懿旨，保護使館”。又分别致國書於俄、英、日、德、美、法等國國家元首，請他們出面“排難解紛”、“挽回時局”。將兩廣總督李鴻章調任直隸總督兼北洋大臣，準備與列強談判。
　　但是，八國聯軍並沒有停止進攻。8月14日，進入北京。次日凌晨，慈禧帶著光緒，在2000餘名兵勇的護衛下倉皇出逃。令奕䜣、李鴻章為全權大臣，與列強進行談判。把戰爭的責任推到義和團身上，對義和團“痛加剿除”。經過幾個月的反覆交涉，除了參加侵略的俄、英、美、日、德、法、意、澳八國之外，又加上比利時、西班牙和荷蘭共同擬定了議和大綱12條。12月22日，李鴻章從美國使館抄得一份材料，立即電告軍機處，轉呈慈禧。慈禧看到沒有將她列為禍首，也沒有要她歸政光緒，如獲大赦。當天就電復奕?、李鴻章，大綱12條，原則上照允。並發布上諭，要“量中華之物力，結與國之歡心。”為了儘快地達成和議，全部接受列強提出的條件。1901年9月7日，奕䜣、李鴻章代表清政府與11個帝國主義國家簽訂了空前屈辱的《辛丑條約》。慈禧完全屈服了，清政府成了洋人的朝廷。