吉林大學的前身東北行政學院於哈爾濱成立。

原吉林大學建校於1946年9月24日，當時校名為東北行政學院；幾經變遷，1950年3月31日易名為東北人民大學；1958年8月11日，東北人民大學更名為吉林大學，郭沫若為吉林大學題寫校名。1960年10月22日，中央正式批准吉林大學為國家重點綜合性大學。1984年6月，國務院批准了包括清華大學、北京大學、中山大學、吉林大學中國22所重點大學首批試辦研究院，8月8日吉林大學研究生院成立。新的吉林大學於2000年6月12日由原吉林大學、吉林工業大學、白求恩醫科大學、長春科技大學、長春郵電學院合併組建而成。2004年8月29日，原中國人民解放軍軍需大學併入吉林大學。2004年教育部確定包括吉林大學在內的全國34所高校考研自行確定複試錄取分數線。吉林大學是具有教授任職資格審批權的高校。

學校師資力量雄厚，有教師6360人，其中教授1298人 ，博士生指導教師737人 。 有中國科學院和中國工程院院士20人( 雙聘7人) ，國務院學位委員會委員2人，國務院學位委員會學科評議組成員16人，中央馬克思主義理論研究和建設工程項目首席專家4人，國家“973”項目首席科學家2人，國家有突出貢獻的中青年專家14人，國家傑出青年基金獲得者20人，教育部“長江學者獎勵計畫”特聘教授18人。 學校擁有190個具有現代化研究手段的實驗室，其中教育部人文社會科學重點研究基地6個，“985工程”二期建設哲學社會科學創新基地5個，“985工程”二期建設科技創新平台8個，國家重點實驗室5個，教育部重點實驗室10個，其他部委重點實驗室13個。學校承擔了大量國家級和省部級科研項目，有一批 產業化前景好、技術含量高的國家攻關項目、“863”項目、“973”項目等高新技術成果。
吉林大學是首批建立研究生院的22所大學之一，現已建立起學士－碩士－博士完整的高水平人才培養體系。在校全日制學生59412人，其中博士生、碩士生19080人，留學生1332人，自考在籍生19000人，另有成人教育學生20233人。
學校科技園已被確定為國家大學科技園。校辦產業蓬勃發展，被譽為“民族的軟體驕子”的長春吉大正元信息技術有限公司等一批校辦產業落戶於與長春高新技術產業開發區毗鄰的學校科技園內，與新校園連為一體，有望發展成為高科技產業群。
吉林大學校園占地面積661萬多平方米，校舍建築面積近340萬平方米。現有6個校區8個校園，分布在長春市的不同方位。新鋪設的光纜和計算機網路把所有校區連為一體，使網上辦公、遠程教育等更加便捷。在珠海市新建珠海校區，占地面積330多萬平方米，一期建築面積12. 5萬平方米 。學校圖書館各類藏書614萬冊，已被確定為聯合國教科文組織 、聯合國工業發展組織和世界銀行的藏書館。經教育部批准建設在我校的CALIS東北地區中心為全國七大中心之一。 吉林大學已成為中國目前辦學規模最大的高等學府，在人才培養、科學研究、學科建設、師資隊伍等方面呈現出更加廣泛的發展前景。 2005年末，學校圓滿召開了第十二次黨員代表大會，通過了《吉林大學章程》。明確到2010年，使吉林大學成為一所國內領先、國際知名的高水平研究型大學。